La reparación quirúrgica implica la creación de una abertura para el paso de las heces. Cuando no existe abertura anal en el recién nacido es necesario hacer una cirugía de emergencia.
Todas las reparaciones quirúrgicas se realizan mientras el recién nacido se encuentra profundamente dormido y sin sentir dolor (bajo anestesia general).
La cirugía en un defecto de ano imperforado de tipo superior implica, por lo general, la creación de una abertura temporal en el intestino grueso (colon) sobre el abdomen, para permitir el paso de las heces (esto se denomina colostomía). Es necesario esperar unos meses para que el bebé crezca antes de realizar una reparación anal más compleja.
La reparación anal consiste en una incisión abdominal a través de la cual se libera el colon de sus ligaduras en el abdomen para su recolocación. Por medio de una incisión anal, el saco rectal es empujado hacia abajo, colocándolo en el lugar correcto para que la abertura anal quede completa. Durante esta etapa, se puede cerrar la colostomía o se la puede dejar durante unos meses más y cerrarla en una etapa posterior.
La cirugía de un ano imperforado de tipo inferior (la cual incluye con frecuencia una fístula) implica cerrar la fístula, la creación de una abertura anal y la recolocación del saco rectal en la abertura anal. El cirujano debe enfrentar, independientemente del tipo de defecto, la gran dificultad de encontrar, utilizar o crear estructuras nerviosas y musculares adecuadas alrededor del recto y el ano que permitan al niño tener la capacidad de controlar los esfínteres.
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